医疗污水中通常含有多种细菌、病毒、寄生虫卵和一些有毒有害物质。同时，医疗污水还含有重金属、有机溶剂、放射性物质及酸碱溶液，如这些物质直接被排放入环境将造成巨大危害并影响人体健康，必须经过处理后才能排放。
目前对医疗污水处理的二级生化处理工艺有：活性污泥法、生物膜法等。在消毒工艺上大致可分为物理方法和化学方法两大类。物理方法有辐射法、紫外线法、加热法、冷冻法等。化学方法包括用卤素，臭氧、重金属离子、阳离子表面活性剂、等化学药剂处理。其中，较常用的是氯消毒法和臭氧消毒法。我国应用最广泛的是氯消毒法。
在医疗污水处理过程中，不同工艺单元需监测的水质参数不同：
预处理阶段
监测参数：悬浮物、pH
混凝沉淀处理
监测参数：pH、悬浮物
生化处理
监测参数：溶解氧、污泥浓度、pH
深度处理
监测参数：pH、溶氧、悬浮物
消毒阶段
监测参数：总余氯、二氧化氯
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